有機肥發酵技術大體分為兩種：好氧發酵和厭氧發酵。好氧發酵是好氧微生物在有氧情況下依靠自身的生命活動對有機物進行生物降解的發酵過程。

厭氧發酵工藝簡單、成本低廉，但是會導致糞堆發酵不徹底、養份損失嚴重。好氧發酵其發酵強度和徹底程度遠優于厭氧發酵。好氧發酵發酵徹底，保證養分無損失。蝦面列舉好氧發酵的特點：

1，工藝復雜

透氣性：良好的透氣性好可以增加好氧菌的繁殖；水份：合適的水份使發酵糞保溫在50度以上，保證糞堆徹底腐熟，水份過大或過少都會影響糞堆的腐熟徹底度；攪拌：攪拌均勻使發酵程度均勻，除臭完全，攪拌不均勻會影響有機肥的質量；菌種：好氧發酵需要添加適量的發酵菌種。

2、成本較高

好氧發酵建廠會增加費用，在發酵過程中需要使用到有機肥發酵翻拋車等有機肥發酵設備。有機肥設備會產生相應的耗油、耗電費用。

3、發酵徹底

有氧發酵通過翻拋及時排除有害氣體；在發酵過程中，這種高溫堆腐可以把糞堆中的蟲卵及有害微生物等殺死，大腸桿菌等雜菌也被消滅，達到有機肥無害化處理的目的。

4、養份無損失

有氧發酵在發酵過程中會進行嚴格環測及控制溫度，并做到糞堆及時翻拋，防止溫度過高殺死有機肥里面的全部微生物造成養份的損失。